◆ box-sizing と padding や border があるとそのままの値が style に反映されない
◆ 「要素の幅/高さ」を設定するのでpadding や border 分が加えられた値になる

こんなコードを準備します
<div style="
    background: skyblue;
"></div>
<div style="
    background: greenyellow;
    box-sizing: border-box;
    padding: 10px;
"></div>

<style>
div{
width: 100px;
height: 100px;
margin: 10px;
display: inline-block;
}
</style>

表示はこんなのです

jqh01

これに jQuery で
$("div").height(100)

と実行します
高さが 100px になるので変わらないように思うのですが やってみると

jqh02

要素の属性を見ると
<div style="height: 100px; background: skyblue;"></div>
<div style="box-sizing: border-box; padding: 10px; height: 120px; background: greenyellow;"></div>

緑色の方は 120px になっています

jQuery の height を使うと CSS で height を指定したのではなく 実際の要素の高さを指定の値にします

なので box-sizing と padding があるこの場合は 要素の高さを height の引数の 100 にするためには padding の上下 10px ずつを加えた 120 が必要になります
なので計算して 120px を設定してくれるのですが わかりづらすぎます

CSS の感覚で使いたいのに余計な計算のせいで 逆に苦労することになります
というかなりました
(これだから jQuery なんて使いたくないのですよ)

対処方法は height ではなく css メソッドを使って
$("div").css("height", "100px")

とすること
css メソッドではそのまま style に設定されるので余計なことをされる心配がありません

px 入れないといけないのがめんどうですが 仕方ないです
普通に JavaScript でするときも単位は必要ですしそんな困らないと思います

こういう問題があるので height や width は取得専用と考えて 設定は CSS 使ったほうが安全だと思います